Infreemation

Classification is hard, can network science help? Klassifikation ist hart, CAN-Netzwerk der Wissenschaft helfen?

So I was inspired by a article by a friend of mine in thinking about his post: Also ich war inspiriert von einem Artikel von einem Freund von mir in seinem Denken über post: Science is easier from the outside Die Wissenschaft ist leichter von außen . Werden. Given my background in experimental evolutionary biology I thought maybe I would throw a few comments his way, then my few comments combined to form something which probably oversteps the bounds of what can be considered a comment. Da mein Hintergrund in der experimentellen Evolutionsbiologie Ich dachte, vielleicht würde ich werfe ein paar Anmerkungen seine Weise, dann meinen einige Bemerkungen in Verbindung zu etwas, was wahrscheinlich überschreitet die Grenzen dessen, was kann als Kommentar.

Classification in Biology, or phylogenetics, is fraught with issues that we typically do not face when creating our own systems of classification such as organization of content content on a website. Die Klassifizierung in Biologie, oder phylogenetics, ist voller Probleme, die wir normalerweise nicht sehen, wenn sie die Schaffung unserer eigenen Systeme der Einstufung wie Organisation von Content Content auf einer Website. Just look at the issues Anthropologists have in studying human evolution which, geologically speaking, happened yesterday. Schauen Sie sich die Fragen Anthropologen haben bei der Untersuchung der menschlichen Evolution, geologisch gesehen, gestern passiert ist.

When studying “trees of life” there is the necessarily subjective nomination of a phylogenetic root which causes biases in analysis of the rest of the hierarchy that are impossible to avoid (instead we often run many thousands of iterations of analysis on a dataset varying the choice of root that often yields radical differences). Bei der Untersuchung "Bäume des Lebens" gibt es die zwangsläufig subjektiven Nominierung eines phylogenetische Wurzel der Ursachen Verzerrungen bei der Analyse der Rest der Hierarchie, die unmöglich zu vermeiden (statt laufen wir oft viele Tausende von Iterationen der Analyse auf der Grundlage eines Datensatzes Variation der Wahl von Wurzel, dass die Erträge oft radikalen Unterschiede). Think about it. Denken Sie darüber nach. How would you go about choosing the root of the tree? Wie würden Sie gehen zur Wahl von der Wurzel des Baumes?

Mismatches between genetic, morphological and life history based phylogenies abound: what data will you favour? Inkongruenzen zwischen den genetischen, morphologischen und Leben Geschichte basiert Phylogenies im Überfluss: Welche Daten werden Sie dafür? You might think genetics is the most objective form of classification data but this is often problematic: Man könnte denken, Genetik ist die objektivste Form der Einstufung Daten, sondern das ist oft problematisch:

• it is likely you have much less genetic information to work with (morphology preserves more easily than genetic information) ist es wahrscheinlich, Sie haben viel weniger genetische Information für die Arbeit mit (Morphologie bewahrt leichter als genetische Information)
• genes can be transferred between species via mobile elements, especially in the microbial and plant worlds which make up the majority of life on earth Gene übertragen werden kann zwischen den Arten über mobile Elemente, vor allem in der mikrobiellen und pflanzlichen Welten, die die Mehrheit des Lebens auf der Erde
• genes can converge to the point where they look like they may have diverged from a common ancestor Gene können konvergieren zu dem Punkt, an dem sie aussehen könnte es für sie wichen von einem gemeinsamen Vorfahren

Convergence is a problem since it can happen at all levels including genetic, morphological and life history (compared traits evolve separately and converge due to selective pressures and do not indicate shared ancestor). Konvergenz ist ein Problem, denn es kann passieren, auf allen Ebenen, einschließlich der genetischen, morphologischen und Leben Geschichte (im Vergleich Züge entwickeln getrennt und konvergieren aufgrund selektiven Druck und deuten nicht auf gemeinsamen Vorfahren).

This is all further compounded by gaps in the fossil record: Das ist alles noch verschlimmert durch Lücken in den fossilen Rekord:

• Different body structures and environments determine the ease of fossilization so the fossil record is biased. Unterschiedliche Strukturen und Körper-Umgebungen bestimmen die Leichtigkeit der Versteinerung, so dass die fossilen Rekord ist voreingenommen.
• Speciation can happen in the blink of a geological eye, so to speak, both in terms of the generation of diversity and the susequent sorting (selection). Speziation kann passieren in Sekundenschnelle von einem geologischen Auge, so zu sprechen, sowohl in Bezug auf die Generation der Vielfalt und der susequent Sortierung (Auswahl). It is quite a detective story to determine who the suspects are… Es ist eine recht Detektivgeschichte, um zu ermitteln, die Verdächtigen sind…

Carl von Linné, the father of modern biological taxonomy, didn’t even have the benefit of understanding evolutionary processes let alone genetics when he developped his Systema Naturae. Carl von Linné, der Vater der modernen biologischen Taxonomie, nicht einmal in den Genuss des Verstehens evolutionäre Prozesse Genetik geschweige denn, wenn er entwickelt seine Systema Naturae. Instead he thought he was revealing the divine order in God’s creations. Stattdessen dachte er sich, er war ein Zeichen für die göttliche Ordnung in Gottes Kreationen. As a result of this starting assumption and very limited data set that didn’t include much in the way of non-morphological information his original constructions, while logical given what he had to work with, often did not reflect the natural-historical order. Als Ergebnis dieser Übernahme ab und sehr begrenzte Daten einstellen, dass er nicht auch viel im Wege der Nicht-morphologische Informationen seiner ursprünglichen Konstruktionen, während die logische gegeben, was er für die Arbeit mit, die oft nicht den natürlichen historischen Reihenfolge.

The wild endeavour of science is one of discovery not invention, which we will leave to engineers. Die wilden bemühen der Wissenschaft ist eine Entdeckung nicht Erfindung, die wir lassen zu Ingenieuren. Scientists don’t have the luxury of constructing our world (and when they indulge in that luxury they often take us down the wrong path…not that thats a bad thing!). Die Wissenschaftler haben nicht den Luxus, den Bau unserer Welt (und wenn sie sich in Luxus, dass sie oft nehmen uns die falsche Weg… das ist nicht so, dass eine schlechte Sache!). It is a process of discovery fraught with accidental success, abject failure, Eureka moments. Es ist ein Prozess der Entdeckung voller zufälligen Erfolg, Misserfolg Abjekten, Eureka Momente.

Classification is such a fundamental aspect of science, but it is also a wholly human one. Klassifikation ist solch ein fundamentaler Aspekt der Wissenschaft, aber es ist auch eine ganz menschliche ein. A classification system can both be wildly useful and fundamentally flawed. Eine Einteilung System kann sowohl nützliche als wild und grundlegend falsch ist. What happens when something needs to go on two branches that are far apart in the classification structure? Was passiert, wenn etwas gehen muss auf zwei Zweige, die weit voneinander entfernt in der Klassifizierung Struktur?

Maybe a tree with a root and branches is the wrong way to look at classification. Vielleicht ein Baum mit einem Stamm und Zweigen ist der falsche Weg, um die Einstufung. Perhaps we need to navigate a network of organization instead to find a happy home for everything, connected to all things related and far apart from that which is not. Vielleicht müssen wir navigieren ein Netzwerk der Organisation zu finden, anstatt ein glückliches Zuhause für alles, mit allen damit verbundenen Dinge und weit entfernt von dem, was nicht ist. I admit that I am inspired here having recently read the book Ich gebe zu, dass ich hier bin inspiriert haben vor kurzem das Buch lesen Six Degrees: The Science of a Connected Age Six Degrees: The Science of einem angeschlossenen Alter which I believe to be the best account of why studying networks and their behaviours is relevant to all disciplines. Ich glaube, die zu den Besten der warum studieren Netzwerke und deren Verhalten ist für alle Disziplinen.

The likely problem is that conceptually and possibly even mathematically a network approach to classification might be too difficult for us! Das Problem ist wahrscheinlich, dass konzeptionell und vielleicht sogar ein Netzwerk mathematisch Ansatz zur Klassifizierung könnte zu schwierig für uns!