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Classification is hard, can network science help? La clasificación es difícil, la red puede ayudar la ciencia?

So I was inspired by a article by a friend of mine in thinking about his post: Por lo tanto, se inspiró en un artículo de un amigo mío al pensar en su cargo: Science is easier from the outside La ciencia es más fácil desde el exterior . Given my background in experimental evolutionary biology I thought maybe I would throw a few comments his way, then my few comments combined to form something which probably oversteps the bounds of what can be considered a comment. En vista de mis antecedentes experimentales en biología evolutiva que pensé tal vez quisiera lanzar algunas observaciones a su manera, a continuación, algunos comentarios de mi combinarse para formar algo que probablemente sobrepasa los límites de lo que puede considerarse un comentario.

Classification in Biology, or phylogenetics, is fraught with issues that we typically do not face when creating our own systems of classification such as organization of content content on a website. La clasificación en Biología, o filogenia, está plagado de cuestiones que normalmente no se enfrentan a la hora de crear nuestros propios sistemas de clasificación tales como la organización de los contenidos de contenido en un sitio web. Just look at the issues Anthropologists have in studying human evolution which, geologically speaking, happened yesterday. Sólo ver a los antropólogos han cuestiones en el estudio de la evolución humana que, geológicamente hablando, que ocurrió ayer.

When studying “trees of life” there is the necessarily subjective nomination of a phylogenetic root which causes biases in analysis of the rest of the hierarchy that are impossible to avoid (instead we often run many thousands of iterations of analysis on a dataset varying the choice of root that often yields radical differences). Al estudiar "árboles de vida" es necesariamente subjetiva la designación de un filogenética raíz las causas que los sesgos en el análisis del resto de la jerarquía que son imposibles de evitar (en lugar que a menudo muchos miles de iteraciones de análisis en un conjunto de datos variando la elección raíz de que, a menudo, los rendimientos de las diferencias radicales). Think about it. Piensa en ello. How would you go about choosing the root of the tree? ¿Cómo ir sobre la elección de la raíz del árbol?

Mismatches between genetic, morphological and life history based phylogenies abound: what data will you favour? Desajustes entre factores genéticos, morfológicos y de historia de vida basado phylogenies abundan: ¿qué datos va a favor? You might think genetics is the most objective form of classification data but this is often problematic: Usted puede pensar que la genética es la forma más objetiva de clasificación de datos, pero esto es a menudo problemática:

• it is likely you have much less genetic information to work with (morphology preserves more easily than genetic information) es probable que haya mucha menos información genética para trabajar con (morfología conserva más fácilmente que la información genética)
• genes can be transferred between species via mobile elements, especially in the microbial and plant worlds which make up the majority of life on earth genes se pueden transferir entre especies a través de elementos móviles, sobre todo en los vegetales y microbianos mundos que constituyen la mayoría de la vida sobre la tierra
• genes can converge to the point where they look like they may have diverged from a common ancestor genes pueden converger hasta el punto en que parezca que puedan tener divergieron de un antepasado común

Convergence is a problem since it can happen at all levels including genetic, morphological and life history (compared traits evolve separately and converge due to selective pressures and do not indicate shared ancestor). La convergencia es un problema, ya que puede ocurrir en todos los niveles incluidos los genéticos, morfológicos y de historia de vida (en comparación rasgos evolucionan por separado y converger debido a presiones selectivas y no indican compartida antepasado).

This is all further compounded by gaps in the fossil record: Todo esto es agravado aún más por las deficiencias en el registro fósil:

• Different body structures and environments determine the ease of fossilization so the fossil record is biased. Diferentes estructuras corporales y entornos determinar la facilidad de fosilización por lo que el registro fósil es parcial.
• Speciation can happen in the blink of a geological eye, so to speak, both in terms of the generation of diversity and the susequent sorting (selection). La especiación puede ocurrir en el parpadear de un ojo geológico, por así decirlo, tanto en términos de la generación de la diversidad y la clasificación susequent (selección). It is quite a detective story to determine who the suspects are… Es un detective bastante historia para determinar que los sospechosos son…

Carl von Linné, the father of modern biological taxonomy, didn’t even have the benefit of understanding evolutionary processes let alone genetics when he developped his Systema Naturae. Carl von Linné, el padre de la moderna taxonomía biológica, ni siquiera tienen el beneficio de comprender los procesos evolutivos y mucho menos cuando la genética ha desarrollado su Systema Naturae. Instead he thought he was revealing the divine order in God’s creations. En lugar le pareció que era revelar el orden divino en las creaciones de Dios. As a result of this starting assumption and very limited data set that didn’t include much in the way of non-morphological information his original constructions, while logical given what he had to work with, often did not reflect the natural-historical order. Como resultado de esta hipótesis a partir y muy limitado conjunto de datos que no incluyen mucho en el camino de la no información morfológica original de su construcción, mientras que lógico teniendo en cuenta lo que tuvo que trabajar, a menudo no reflejan la naturaleza de orden histórico.

The wild endeavour of science is one of discovery not invention, which we will leave to engineers. El salvaje empeño de la ciencia es una de descubrimiento no invención, que vamos a dejar a los ingenieros. Scientists don’t have the luxury of constructing our world (and when they indulge in that luxury they often take us down the wrong path…not that thats a bad thing!). Los científicos no pueden darse el lujo de construir nuestro mundo (y cuando se dedican a ese lujo que a menudo nos llevan por el camino equivocado que no… Que una cosa mala!). It is a process of discovery fraught with accidental success, abject failure, Eureka moments. Se trata de un proceso de descubrimiento accidental plagada de éxito, fracaso abyecto, Eureka momentos.

Classification is such a fundamental aspect of science, but it is also a wholly human one. La clasificación está tan fundamental aspecto de la ciencia, pero también es un humano en su totalidad. A classification system can both be wildly useful and fundamentally flawed. Un sistema de clasificación pueden ser tremendamente útiles y falla por su base. What happens when something needs to go on two branches that are far apart in the classification structure? ¿Qué pasa cuando algo tiene que ir en dos ramas que están muy distantes en la estructura de la clasificación?

Maybe a tree with a root and branches is the wrong way to look at classification. Tal vez un árbol con una raíz y las ramas es el camino equivocado a ver a la clasificación. Perhaps we need to navigate a network of organization instead to find a happy home for everything, connected to all things related and far apart from that which is not. Quizás tenemos que navegar por una red de la organización en lugar de encontrar un hogar feliz para todo, conectado a todas las cosas relacionadas y alejadas de lo que no lo es. I admit that I am inspired here having recently read the book Reconozco que estoy aquí que ha inspirado recientemente leído el libro Six Degrees: The Science of a Connected Age Seis Grados: La ciencia de la Edad Conectado which I believe to be the best account of why studying networks and their behaviours is relevant to all disciplines. que creo que es la mejor cuenta de por qué el estudio de las redes y sus comportamientos es importante para todas las disciplinas.

The likely problem is that conceptually and possibly even mathematically a network approach to classification might be too difficult for us! El problema es probable que conceptualmente y, posiblemente, incluso matemáticamente una red para la clasificación podría ser demasiado difícil para nosotros!