Classification is hard, can network science help?分類は、ハード、ネットワーク科学は、ヘルプですか？
September 7th, 2004 | by ian | 2004年9月7日|イアン|So I was inspired by a article by a friend of mine in thinking about his post:だからされた記事に触発さを考えている私の友人で彼の投稿： Science is easier from the outside科学が簡単には外部からの .です。 Given my background in experimental evolutionary biology I thought maybe I would throw a few comments his way, then my few comments combined to form something which probably oversteps the bounds of what can be considered a comment.私の背景に与えられた進化生物学実験かもしれないと思った私はいくつかのコメントを投げる彼のように、いくつかのコメントを入力し、マイ結合を形成するoverstepsの範囲内で何かが、おそらくどのようなことが考えられているコメントは得られなかった。
Classification in Biology, or phylogenetics, is fraught with issues that we typically do not face when creating our own systems of classification such as organization of content content on a website.分類、生物学、または系統学は、満ちている問題が私たちの顔を作成する際、通常はありません独自のシステムの分類などのコンテンツをウェブサイトのコンテンツを組織します。 Just look at the issues Anthropologists have in studying human evolution which, geologically speaking, happened yesterday.人類学者の問題だけを見て勉強して人類の進化は、地質学的に言えば、起きた出来事です。
When studying “trees of life” there is the necessarily subjective nomination of a phylogenetic root which causes biases in analysis of the rest of the hierarchy that are impossible to avoid (instead we often run many thousands of iterations of analysis on a dataset varying the choice of root that often yields radical differences).ときに勉強"ツリーオブライフ"には主観的、必然的に系統のルートこれが原因でノミネートされている解析の偏見の残りの部分を避けるために、階層内では不可能（私たちはしばしば実行する代わりに何千ものさまざまな反復の分析は、データセットの選択過激派のルートを頻繁に利回りの違い） 。 Think about it.考えさせてください。 How would you go about choosing the root of the tree?をどのように行くについては、ツリーのルートを選択することですか？
Mismatches between genetic, morphological and life history based phylogenies abound: what data will you favour?ミスマッチの間に遺伝的、形態や生活史をベースphylogeniesたくさん：どのようなデータをする賛成ですか？ You might think genetics is the most objective form of classification data but this is often problematic:遺伝かもしれないがフォームの分類で最も客観的データしかし、これは往々に問題：
- it is likely you have much less genetic information to work with (morphology preserves more easily than genetic information)これは予想をはるかに少ないが遺伝的に情報を仕事を（形態よりもより簡単に遺伝情報を保持）
- genes can be transferred between species via mobile elements, especially in the microbial and plant worlds which make up the majority of life on earth種の遺伝子の間に移すこともできます。経由で携帯電話の要素、特に、微生物と植物の世界を構成する多数の地球上の生命
- genes can converge to the point where they look like they may have diverged from a common ancestor遺伝子のポイントはどこに収束して次のように彼ら年5月に共通の祖先から分岐
Convergence is a problem since it can happen at all levels including genetic, morphological and life history (compared traits evolve separately and converge due to selective pressures and do not indicate shared ancestor).以降は問題が収束することもありえますを含むすべてのレベルで遺伝的、形態や生活史（比べて進化の特徴を個別に選択と集中のために共通の祖先の圧力を示すものではありません） 。
This is all further compounded by gaps in the fossil record:これはすべてのより詳細なギャップが配合され、化石記録：
- Different body structures and environments determine the ease of fossilization so the fossil record is biased.別の体の構造や環境の使いやすさを判断するため、化石記録は偏った化石です。
- Speciation can happen in the blink of a geological eye, so to speak, both in terms of the generation of diversity and the susequent sorting (selection).スペシエーション目にもとまらぬ速することでも起こり得る地質学的眼、いわばの両方でご利用の多様性とsusequentの世代は、並べ替え（選択） 。 It is quite a detective story to determine who the suspects are…それはかなりの探偵小説を判断するwhoの容疑者は…
Carl von Linné, the father of modern biological taxonomy, didn’t even have the benefit of understanding evolutionary processes let alone genetics when he developped his Systema Naturae.カールフォンlinné 、現代生物学的分類学の父、さえしなかった進化のプロセスを理解する利点は、遺伝学はおろか、開発時に彼は彼のシステマ自然です。 Instead he thought he was revealing the divine order in God’s creations.その代わり、彼が思っていた神のために、神の存在を明らかにするの作品です。 As a result of this starting assumption and very limited data set that didn’t include much in the way of non-morphological information his original constructions, while logical given what he had to work with, often did not reflect the natural-historical order.仮定の結果として、この始動と非常に限られたデータは含まれていないにして多くの形態学的情報以外の邪魔をする彼の元建設し、論理的に与えられた仕事をどのような彼は、しばしば自然しなかった歴史的な注文を反映しています。
The wild endeavour of science is one of discovery not invention, which we will leave to engineers.野生の努力は、 1つの科学の発見発明は、これを我々はエンジニアのままです。 Scientists don’t have the luxury of constructing our world (and when they indulge in that luxury they often take us down the wrong path…not that thats a bad thing!).科学者たちは私たちの世界の建設は、豪華な（そして、そのときに耽溺する高級ダウンすることがしばしば間違ってパスを取る問い合わせthats …そんなに悪いこと！ ）です。 It is a process of discovery fraught with accidental success, abject failure, Eureka moments.それは偶然の成功を伴う発見のプロセスは、惨めな失敗、ユリーカ瞬間です。
Classification is such a fundamental aspect of science, but it is also a wholly human one.分類は、このような科学の基本的な側面、それはまた、完全に人間の1つです。 A classification system can both be wildly useful and fundamentally flawed.乱暴に分類システムの両方が役に立つとは根本的に欠陥がある。 What happens when something needs to go on two branches that are far apart in the classification structure?何が起こるときに何かする必要が枝に行くには遠く離れて、 2つのカテゴリに分類する構造ですか？
Maybe a tree with a root and branches is the wrong way to look at classification.ルートとするかもしれない木の枝が間違った方向に進むのを見て分類します。 Perhaps we need to navigate a network of organization instead to find a happy home for everything, connected to all things related and far apart from that which is not.ことによると私たちのネットワークを組織する必要がナビゲートする代わりにして幸せな家庭でも、関連するすべてのものに接続して、遠く離れてからのことではない。 I admit that I am inspired here having recently read the book白状すると、ここで私はインスピレーションが最近して本を読む Six Degrees: The Science of a Connected Age 6度：接続時代の科学 which I believe to be the best account of why studying networks and their behaviours is relevant to all disciplines.これは最高のアカウントと思うのはなぜ勉強ネットワークとその行動は、すべての分野に関連しています。
The likely problem is that conceptually and possibly even mathematically a network approach to classification might be too difficult for us!の可能性が高いとも問題は、概念的なアプローチを分類するネットワークを数学的に非常に難しいかもしれないをお願いします！
