Infreemation

Classificatie, kan is de netwerkwetenschap hard helpen?

Zo werd ik geïnspireerdi door een artikel door een vriend van mijn in het denken over zijn post: De wetenschap is gemakkelijker van de buitenkant. Gezien mijn achtergrond in experimentele evolutieve gedachte biologie I misschien zou ik een paar commentaren zijn manier werpen, dan mijn weinig commentaren die worden gecombineerd om iets te vormen wat waarschijnlijk de grenzen overschrijdt van wat als een commentaar kan worden beschouwd.

De classificatie in Biologie, of phylogenetics, is beladen met kwesties geen die wij typisch wanneer het creëren van onze eigen systemen van classificatie zoals organisatie van inhoudsinhoud op een website onder ogen zien. Bekijk enkel de kwestiesAntropologen hebben in het bestuderen van menselijke evolutie die die, geologisch, gisteren gebeurde spreekt.

Wanneer het bestuderen van „bomen van het leven“ er is de noodzakelijk subjectieve benoeming van een phylogenetic wortel die biases in analyse van de rest van de hiërarchie veroorzaakt die onmogelijk zijn te vermijden (stellen wij in plaats daarvan vaak vele duizenden herhalingen van analyse van een dataset in werking die de keus van wortel vari�ërt die vaak radicale verschillen opbrengt). Denk over het. Hoe zou u over het kiezen van de wortel van de boom gaan?

De wanverhoudingen tussen genetische, morfologische en het levensgeschiedenis gebaseerde fylogenese zijn rijk: welke gegevens u goed keuren? U zou kunnen denken de genetica de meest objectieve vorm van classificatiegegevens is maar dit is vaak problematisch:

• het is waarschijnlijk u heeft veel minder genetische informatie om te werken met (de morfologiedomeinen gemakkelijker dan genetische informatie)
• de genen kunnen tussen soorten via mobiele elementen, vooral in de microbiële en installatiewerelden worden overgebracht die omhoog de meerderheid van het leven ter wereld maken
• de genen kunnen aan het punt samenkomen waar zij als zij kunnen van een gemeenschappelijke voorvader gedivergeerd hebben kijken

De convergentie is een probleem aangezien het op alle niveaus met inbegrip van genetisch kan gebeuren, morfologisch en het levensgeschiedenis (de vergeleken trekken evolueren afzonderlijk en komen wegens selectieve druk samen en wijzen op geen gedeelde voorvader).

Dit is al verder samengesteld door hiaten in het fossiele verslag:

• De verschillende de lichaamsstructuren en milieu's bepalen het gemak van fossilization zodat is het fossiele verslag beïnvloed.
• Speciation kan in het knipoogje van een geologisch oog, zo te zeggen, zowel in termen van de generatie gebeuren van diversiteit als het susequent sorteren (selectie). Het is vrij een detectiveverhaal om te bepalen wie de verdachten… zijn

Carl von Linné, de vader van moderne biologische taxonomie, had zelfs niet het voordeel om evolutieve processengenetica laat staan te begrijpen toen hij zijn Systema Naturae ontwikkelde. In plaats daarvan dacht hij hij de goddelijke orde in de verwezenlijkingen van de God openbaarde. As a result of this starting assumption and very limited data set that didn’t include much in the way of non-morphological information his original constructions, while logical given what he had to work with, often did not reflect the natural-historical order.

The wild endeavour of science is one of discovery not invention, which we will leave to engineers. Scientists don’t have the luxury of constructing our world (and when they indulge in that luxury they often take us down the wrong path…not that thats a bad thing!). It is a process of discovery fraught with accidental success, abject failure, Eureka moments.

Classification is such a fundamental aspect of science, but it is also a wholly human one. A classification system can both be wildly useful and fundamentally flawed. What happens when something needs to go on two branches that are far apart in the classification structure?

Maybe a tree with a root and branches is the wrong way to look at classification. Perhaps we need to navigate a network of organization instead to find a happy home for everything, connected to all things related and far apart from that which is not. I admit that I am inspired here having recently read the book Six Degrees: The Science of a Connected Age which I believe to be the best account of why studying networks and their behaviours is relevant to all disciplines.

The likely problem is that conceptually and possibly even mathematically a network approach to classification might be too difficult for us!